洁净厂房工艺布局应符合生产工艺流程及空气洁净度等级的要求，并应根据工艺设备安装和维修、管线布置、气流流型以及净化空调系统等各种技术措施的要求综合确定。
工艺布局应防止人流和物流之间的交叉污染，并应符合下列基本要求：
应分别设置人员和物料进出生产区域的出入口。对在生产过程中易造成污染的物料应设置专用出入口。
应分别设置人员和物料进入医药洁净室区前的净化用室和设施。
医药洁净室区内工艺设备和设施的设置，应符合生产工艺要求。生产和储存的区域不得用作非本区域内工作人员的通道。
输送人员和物料的电梯宜分开设置。电梯不应设置在医药洁净室内。需设置在医药洁净区的电梯， 应采取确保医药洁净区空气洁净度等级要求的措施。
医药工业洁净厂房内物料传递路线宜短。
在符合工艺条件的前提下，医药工业洁净厂房内各种固定技术设施的布置，应根据净化空气调节系统的要求综合协调。
医药洁净室区的布置，应符合下列要求：
在满足生产工艺和噪声级要求的前提下，空气洁净度等级高的洁净室区宜靠近空气调节机房布置，空气洁净度等级相同的工序和医药洁净室区的布置宜相对集中。
不同空气洁净度等级医药洁净室区之间的人员出入和物料传送，应有防止污染措施。
医药工业洁净厂房内，宜靠近生产区设置与生产规模相适应的原辅物料、半成品和成品存放区域。存放区域内宜设置待验区和合格品区，也可采取控制物料待检和合格状态的措施。不合格品应设置专区存放。北京华旭洁净净化科技承接各种洁净厂房设计与施工服务。